| material | Base site No. |
| ||||||
| 126 - 133 | 218 - 222 | 322 - 326 | 413 | 479 | 520 | 599 | 768 - 779 | |
| 9311 | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAA---------- |
| Nanjing 3 hao | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | G | T | AGAAAA---------- |
| Guanglu ai si hao | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | G | A | T | AGAAAA---------- |
| Nipponbare | - - - - - - - - | ----- | TATAT | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| Bai ri zao | - - - - - - - - | ----- | TATAT | T | A | A | C | AGAAAAAGAAAA |
| Ai zi nuo | - - - - - - - - | ----- | TATAT | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| Jin 23A1 | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| Guangye A1 | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| V20A1 | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| Chuanxiang 29A1 | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| Zhenshan 97A1 | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| T98A1 | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| II-32A2 | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| Zhong 9A2 | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| You 1A2 | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| K17A3 | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| Yuetai A4 | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| Hepu CWR | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| Dongxiang CWR | - - - - - - - - | ----- | ---- | -- | A | A | T | AGAAA-AGAAAA |
| Hainan CWR | - - - - - - - - | ----- | ---- | -- | A | A | T | -GAAA-AGAAAA |
| Chaling CWR | - - - - - - - - | ----- | TATAT | T | A | A | T | AGAAA-AGAAAA |
| Fusui CWR | - - - - - - - - | ----- | TATAT | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| Nivala wild rice | - - - - - - - - | ----- | ---- | - | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| Brazil upland rice | - - - - - - - - | ----- | TATAT | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| Lemont | - - - - - - - - | ----- | TATAT | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| O. punctata | - - - - - - - - | ----- | A--- | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| O. minutaa | - - - - - - - - | ----- | A--- | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| O. minutab | - - - - - - - - | ----- | A--- | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| O. rhizomatisa | - - - - - - - - | ----- | A--- | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| O. rhizomatisb | - - - - - - - - | ----- | A--- | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| O. rhizomatisc | - - - - - - - - | ----- | A--- | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| O. eichingeri | - - - - - - - - | ----- | T--- | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| O. officinalista | - - - - - - - - | ----- | A--- | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| O. officinalistb | - - - - - - - - | ----- | A--- | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |
| O. altaa | - - - - - - - - | ----- | A--- | T | A | A | T | AGAAAAAGAAAA |