Amino acid

A

R

N

D

C

E

Q

G

H

I

L

K

M

F

P

S

T

W

Y

V

Mass, Dalton

71.09

156.19

114.11

115.09

103.15

129.12

128.14

57.05

137.14

113.16

113.16

128.17

131.19

147.18

97.12

87.08

101.11

186.12

163.18

99.14

Surface Area, Å2

115

225

160

150

135

190

180

75

195

175

170

200

185

210

145

115

140

255

230

155

Residue Volume, Å3

88.6

173.4

114.1

111.1

108.5

138.4

143.8

60.1

153.2

166.7

166.7

168.6

162.9

189.9

112.7

89.0

116.1

227.8

193.6

140.0

van der Waals volume, Å3

67

148

96

91

86

114

109

48

118

124

124

135

124

135

90

73

93

163

141

105

Residue Non-polar Surface Area, Å2

86

89

42

45

48

69

66

47

129

155

122

164

137

194

124

56

90

236

154

135

Residue Burial, kcal/mol

2.15

2.23

1.05

1.13

1.20

1.73

1.65

1.18

2.45

3.88

3.05

4.10

3.43

3.46

3.10

1.40

2.25

4.11

2.81

3.38

Side Chain Burial, kcal/mol

1.0

1.1

−0.1

−0.1

0.0

0.5

0.5

0.0

1.3

2.7

1.9

2.9

2.3

2.3

1.9

0.2

1.1

2.9

1.6

2.2

Hydropathy index

4.5

4.2

−0.8

−0.9

−3.5

−0.7

−1.6

1.8

−3.9

−3.5

−1.3

2.5

−0.4

−3.2

−3.5

2.8

1.9

4.5

3.8

−3.5

Ranking of amino acid polarities

9

15

16

19

7

18

17

11

10

1

3

20

5

2

13

14

12

6

8

4

pKa

9.69

9.04

8.80

9.60

10.28

9.67

9.13

9.60

9.17

9.68

9.60

8.95

9.21

9.13

10.60

9.15

9.10

9.39

9.11

9.62

σI

0.05

−0.26

−0.14

0.51

−0.01

0.68

−0.10

0.00

−0.01

0.06

0.02

−0.16

0.08

0.04

0.00

−0.03

−0.05

0.06

0.05

0.01

HMΔPH

0.05

−0.75

−0.20

1.80

−0.01

1.25

−0.07

0.00

0.21

0.08

0.07

−1.11

−0.04

0.06

0.10

−0.05

−0.03

0.15

0.02

0.09

σR

0.00

−0.49

−0.06

1.29

0.01

0.57

0.03

0.00

0.22

0.02

0.05

−0.95

−0.12

0.02

0.10

−0.02

0.02

0.09

−0.03

0.08

σα

−0.01

−0.08

−0.04

−0.03

−0.03

−0.04

−0.05

0.00

−0.06

−0.04

−0.04

−0.05

−0.05

−0.08

−0.04

−0.02

−0.03

−0.12

−0.09

−0.03

σF

0.05

0.27

−0.56

−1.77

0.06

−1.14

−0.35

0.00

−0.58

0.04

−0.03

0.51

−0.30

−0.45

0.02

−0.38

−0.44

−0.24

−0.42

−0.04

AI

0.05

0.26

0.24

0.51

0.01

0.68

0.10

0.00

0.01

0.06

0.02

0.16

0.08

0.04

0.00

0.03

0.05

0.06

0.05

0.01

P(α − helix)

142

98

101

67

70

151

111

57

100

108

121

114

145

113

57

77

83

108

69

106

P(β − sheet)

83

93

54

89

119

37

110

75

87

160

130

74

105

138

55

75

119

137

147

170

P(turn)

66

95

146

156

119

74

98

156

95

47

59

101

60

60

152

143

96

96

114

50

f(i)

0.060

0.070

0.147

0.161

0.149

0.056

0.074

0.102

0.140

0.043

0.061

0.055

0.068

0.059

0.102

0.120

0.086

0.077

0.082

0.062

f(i + 1)

0.076

0.106

0.110

0.083

0.050

0.060

0.098

0.085

0.047

0.034

0.025

0.115

0.082

0.041

0.301

0.139

0.108

0.013

0.065

0.048

f(i + 2)

0.035

0.099

0.179

0.191

0.117

0.077

0.037

0.190

0.093

0.013

0.036

0.072

0.014

0.065

0.034

0.125

0.065

0.064

0.114

0.028

f(i + 3)

0.058

0.085

0.081

0.091

0.128

0.064

0.098

0.152

0.054

0.056

0.070

0.095

0.055

0.065

0.068

0.106

0.079

0.167

0.125

0.053